Jizerské hory patří do oblasti středoevropské lesní květeny, a její nejzápadnější podoblasti sudetské květeny (Sudeticum). Hory vynikají početnými krásnými rašeliništi a smnožstvím vzácných druhů rostlin. Mnoho rostlin Jizerských hor je botanickými unikáty, jako například blatnice bahenní, bříza zakrslá, jalovec obecný sibiřský nebo prha arnika.
V minulosti bylo území Jizerských hor pokryto z valné části bučinami a lesy smíšenými z buku, smrku a jedle. Dnes nalezneme rozsáhlé bukové a smíšené lesy, chybí v nich však jedle a jsou již do velké míry ovlivněny lesním hospodářstvím. Bylinný podrost těchto oblastí je díky kyselé půdě a vlhkému podnebí poměrně chudý. Z rostlin, které se zde vyskytují, jmenujme například kokořík přeslenitý nebo pstroček dvoulistý. Rozsáhlé listnaté a smíšené lesy jsou nejlépe zachované v severních a západních Jizerských horách. Díky kolonizaci Jizerských hor a potřebě dřeva pro četné sklárny, byly tyto lesy v minulosti nahrazovány smrkovými porosty.
V nejvyšších polohách Jizerských hor se vyskytují přirozené smrkové lesy, jejich typickým znakem je různověkost porostu a mohutný bylinný podrost. Podrost je tvořen například brusnicí borůvkovou nebo mnoha druhy mechů a kapradin. Druhým typem smrčin jsou četné podmáčené smrčiny na stále mokrých rašeliných půdách. Vyznačují se výskytem mechorostu, rašeliníku a dalších vlhkomilných druhů. Nejlepší ukázky tohoto porostu jsou státní přírodní rezervace Nová Louka nebo Velká jizerská louka.
Rašeliniště Na Čihadle
Louky vzniklé v minulosti umělým odlesněním se na některých místech druhotně zamokřily, jinde zarostly chudým porostem, především trávy smilky tuhé a třezalky tečkované, a náletovými dřevinami. V Jizerských horách se vzácně vyskytují i starobylé květnaté louky.
Velmi chladné a vlhké podnebí Jizerských hor je ideální pro vznik rašelinišť. Tvořila se zde před 6000 lety po skončení poslední doby ledové. Mohutnost rašeliných vrstev je v Jizerských horách od několika desítek centimetrů až po několik metrů. Volný prostory rašelinišť, na nichž nerostou vysoké stromy, se zde daří i rostlinám, které běžně rostou až za polárním kruhem. Jsou to zejména zakrslé keříky brusnice klikvy, kyhanky sivolisté nebo šichy oboupohlavné. Nejvýznačnějšími rostlinami jsou rašeliníky, kterých se zde vyskytuje asi 10 druhů. Rašeliniště mají po obvodu silně zamokřený pás, na kterém již mohou růst stromy. Je to především borovice kleč nebo bříza karpatská. Na území Jizerských hor se nachází asi 50 rašelinišť.
Jednou z největších zajímavostí jsou slatiniště. Jsou podobná rašeliništím, ale mají větší obsah minerálních živin. Jsou proto typická svou pestrou květenou. Rostou zde mnohé druhy vlhkomilných trav, rašeliník a mnohé mechy. Z vyšších rostlin se zde hojně vyskytuje vrba ušatá. Slatiniště lze nalézt v okolí Horních Lučan a Bedřichova.
Květena Frýdlantska je poněkud odlišná od květeny vlastních Jizerských hor. Lesní vegetaci tvoří především květnaté háje s mírně teplomilnými druhy rostlin. Nápadný je výskyt rybničních rostlinných společenstev. Velké části území jsou pokryty kulturními loukami.
Louky Ještědského hřbetu jsou druhově bohatší s výskytem kakostu lesního nebo vstavačovitých rostlin. Nejbohatší společenstva rostlin se vytvořila na vápencích, zejména Hlubockém hřebeni. Roste zde například hořeček baltický nebo vratička měsíční. Lesy Ještědského hřbetu jsou tvořeny smrčinami a v exponovaných místech také bučinami.
