V této oblasti převládají uměle založené smrkové monokultury, na mnoha místech prostoupené borovicí. Původní smíšené lesy, které kdysi pokrývaly většinu území se udržely jen v těžko dostupných místech Českého Švýcarska a nejvyšších partijích Lužických hor, kde převládají především bučiny. Na okrajích lesů a cest je běžná bříza a v nepatrných zbytcích lužných lesů také olše. V současnosti se vysazuje mimo smrku také modřín a buk.
Prstnatec májový
Oblast Labských pískovců je z hlediska flóry vzhledem k podloží poměrně chudá. Díky poměrně výrazné inverzi se v některých roklích vyskytují podhorské až horské druhy rostlin, vzácných lišejníků a mechů, např. žebrovice různolistá nebo violka dvoukvětá. Poměrně hojně se zde nachází také kdysi vzácný náprstník červený.
Oblast Lužických hor je z hlediska rostlinstva více pestrá. Díky rozmanitosti geologického podloží zde rostou mnohé druhy květeny především měsíčnice vytrvalá, lýkovec jedovatý, plavuň vidlačka aj. Břehy stojatých vod často lemuje kosatec žlutý. Poměrně často lze najít vlčí bob mnoholistý.
Do květeny neblaze zasáhly rozsáhlé meliorace a rekultivace krajiny. V současnosti díky ochraně přírody dochází k pozvolnému zlepšování této situace.
