Lesy Českého ráje jsou převážně druhotné smrčiny, na skalních plošinách pak převažují bory, místy prostoupené chudými kyselými doubravami.
V nich na mělké půdě vzniklé rozpadem, křemičitých pískovců tvoří rozsáhlé porosty borůvka, různé kapradiny včetně naší největší kapradiny hasivky orličí, vřes, z trav metlička křivolaká, četné mechy a lišejníky.
Jedna z nejvzácnějších - okrotice červená
Bohatší květena je v dubohabrových hájích v jižní části kraje nebo v bučinách v údolí Jizery na Maloskalsku. Význačnou rostlinou některých míst Českého ráje je přes 1 m vysoká přeslička největší.
Vzácnou květenou se honosí poslední zbytky rašelinných a slatinných luk i okolí krásných rybníků, jako je Věžický, Vidlák, Nebákov, Drhlenské rybníky, Komárovský, Žabakor či Jinolické rybníky.
Také bohatá síť potůčků, většinou směřujících k řece Jizeře vytváří romantická zákoutí se zajímavými rostlinnými i živočišnými druhy.
